Nove anos depois, M informa Bond que a máfia russa se apoderou de uma arma poderosa, que nem mesmo os americanos acreditavam que existia, Goldeneye. O sistema Goldeneye um poderoso satélite capaz de provocar pane em qualquer circuito eletrônico no mundo. Para isso basta acioná-lo em direção a qualquer região do mundo que todos computadores ou até mesmo simples relógios ou motores de carros deixarão de funcionar. Nenhuma arma é eficaz contra o sistema. E para livrar o mundo deste colapso, Bond deve encontrar Janus, líder da máfia russa e seus aliados.

Esse sistema pode levar o mundo ao colapso caso permaneça em mãos erradas. Bond inicia sua tarefa em Monte Carlo, onde o moderno helicóptero Tiger será roubado no dia da apresentação oficial a centenas de pessoas. Capaz de driblar os mais eficientes sistemas de rastreamento aéreo, o Tiger será levado por Xenia Onatopp, uma sádica assassina a serviço de Janus, e usado para roubar o GoldenEye.

Sua única aliada será a especialista em computação, Natalya Simonova que sobrevive ao massacre realizado por Xenia Onatopp, para eliminar todas as testemunhas do roubo. Com ela, 007 penetra na base secreta de Trevelyan em Cuba e, após uma luta violenta, destrói seu antigo amigo e seus planos de usar o Goldeneye para provocar destruição em massa.

Esta é a mais perigosa missão para Bond. O seu inimigo sabe tudo sobre ele e promete se vingar da MI6 e de tudo que James preza.